Vodafone havde argumenteret for, at landene muligvis ikke er direkte sammenlignelige med Irland på grund af størrelsen af deres markeder og stordriftsfordelene for operatørerne.
Retten tilsidesatte ComRegs forslag.
Dommen kan få væsentlige konsekvenser for mobilselskabernes omkostninger og deres ret til at opkræve andre operatører for opkald, der termineres på deres net.
Alene Vodafone afsluttede 1.6 milliarder minutters opkald på sit netværk i 2012.
I en erklæring efter dommen sagde Vodafone, at MTR-forslaget, selvom det måske ikke direkte påvirker mobiltelefonregninger for forbrugere, "ville have hæmmet fremtidige investeringer i avancerede bredbåndsnetværk, som forbrugere og virksomheder stoler på".
"Niveauet, som MTR'er er fastsat til, bør afspejle omkostningerne ved at drive og investere i netværket på det irske marked," hedder det.