"Vi skal være lidt strengere de steder, hvor smittekæder for det meste spredes, hvilket er fester og desværre også rejser," sagde kanslerens stabschef, Helge Braun, til den offentlige tv-station ARD.
"Vi er ved begyndelsen af en anden bølge, og kun politikernes og befolkningens beslutsomhed vil afgøre, om vi kan undgå den eller ikke bremse den," tilføjede han.
Tyskland havde formået at holde antallet af nye infektioner og dødsfald lavere end mange af sine naboer, men det daglige antal nye tilfælde er steget over 4,000 siden torsdag, det højeste siden april.
Søndagens tal var under det, men det skyldes, at testrapporter har en tendens til at være lavere i weekenden.
Merkel og borgmestre fra Tysklands 11 største byer blev fredag (9. oktober) enige om at vedtage strengere foranstaltninger, hvis infektioner overstiger en tærskel på 50 tilfælde pr. 100,000 indbyggere på en uge.
Mere end 20 byer er nu over dette niveau, hvilket har forårsaget et kludetæppe af interne rejserestriktioner.
Braun, en læge, sagde, at testcentre burde prioritere sundhedspersonale og mennesker, der viser symptomer, frem for turister.
Feriegæster kan omgå de lokale rejsekanter, hvis de giver negative testresultater.
Bayerns premierminister Markus Soeder foreslog i weekenden højere bøder for personer, der ikke bærer masker, hvor det var påbudt på steder som offentlig transport og butikker på €250 ($295.60) sammenlignet med de nuværende €50, og €500 for gentagne lovovertrædere.
Braun sagde, at han var enig med hårde straffe.
Merkel vil føre yderligere samtaler med statsministeren på onsdag.
