House of Lords stemte for at fjerne disse klausuler fra lovforslaget i en række nederlag for det regerende konservative parti. Regeringen har ikke flertal i Lords, og endda nogle højtprofilerede konservative medlemmer var imod klausulerne.
"Regeringen bør se fornuft, acceptere fjernelsen af disse krænkende klausuler og begynde at genopbygge vores internationale omdømme," sagde Angela Smith, oppositionens Labour Partys leder i Lords.
Men ministrene trækker sig ikke tilbage og agter at forsøge at tvinge klausulerne ind i lovgivningen senere i lovgivningsprocessen.
Offentliggørelsen af lovforslaget i september fremkaldte kritik, og nogle sagde, at det ville ødelægge Storbritanniens internationale status. Biden tweetede den 16. september, at alt, der truede fredsaftalen mellem den irske republik og Nordirland, ville true anglo-amerikansk handel.
Johnson siger, at klausulerne er til for at fungere som et sikkerhedsnet, hvis igangværende forhandlinger med EU ikke kan finde ud af, hvordan varer kan flyde mellem Storbritannien, den britiske provins Nordirland og over den åbne grænse til EU-medlemmet Irland.
Mange så i stedet lovforslaget som et forhandlingsspil for at vinde indrømmelser fra EU i handelsforhandlinger. Bruxelles har indledt retssager mod Storbritannien på grund af forslagene.
"EU kan ikke ratificere en ny aftale, mens Storbritannien lovgiver for at bryde en tidligere aftale," sagde den irske udenrigsminister Simon Coveney på Twitter. "Tillid og god tro betyder noget."
Den endelige ordlyd af lovforslaget skal godkendes af begge kamre, og typisk blokerer de ikke-valgte Lords ikke permanent love, der støttes af det direkte valgte House of Commons.
Klausulerne er dog muligvis ikke længere nødvendige, hvis samtaler med EU om, hvordan man får den irske grænse til at fungere, lykkes.
