Johnson har sat en deadline på EU-topmødet den 15. oktober for enighed om en aftale, og EU søger nogle flere indrømmelser, før de går ind i den sidste fase af forhandlingerne.
"(Johnson) bekræftede Storbritanniens forpligtelse til at udforske alle veje for at nå til enighed," sagde Johnsons kontor i Downing Street i en oplæsning af opkaldet.
"Premierministeren understregede, at der skal gøres fremskridt i de kommende dage for at bygge bro over de betydelige huller, især inden for fiskeri og lige vilkår, gennem processen med intensive samtaler mellem chefforhandlere."
De to chefforhandlere, EU's Michel Barnier og Storbritanniens David Frost, siger, at de er på vej mod en aftale forud for deadline den 15. oktober, selvom de har understreget, at der stadig er vigtige huller.
Johnson fortalte Macron, at Storbritannien ønskede en aftale, men ikke for enhver pris.
"Han understregede, at en aftale var bedre for begge sider, men også at Storbritannien var parat til at afslutte overgangsperioden på australske vilkår, hvis en aftale ikke kunne findes," sagde Johnsons kontor.
